La recherche scientifique a d'abord été gérée par les autorités et les services coloniaux français (IRCT, IRSAT, IRHO, CTFT, IFAN, etc...). Elle a progressivement été transférée aux structures du pays. Dans une première phrase, la recherche est restée éclatée entre des structures spécialisées qui s'y consacraient (CVRS, CESUP) rattachées au Ministère de tutelle de la recherche scientifique et des institutions étrangères agissant dans le pays au titre de la coopération (ORSTOM, CFT, ICRISAT, ETC...). Certains départements ministériels menaient également des activités de recherche.
Une telle dispersion entravait sérieusement le développement de la recherche scientifique. De ce constat fut décidée en premier lieu, la création du Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique en 1978. La même année voyait la création du CNRST avec la fusion du Centre Voltaïque de la Recherche Scientifique (CVRS) et la recherche agronomique gérée par les instituts français et les centres internationaux de recherche. Celui-ci sera structurée en instituts dans les années quatre vingt en :
- Institut de Recherche sur les Substances Naturelles (IRSN 1978)
- Institut de Recherche en Biologie et Ecologie Tropicale (IRBET 1981)
- Institut de Recherche en Sciences Sociales et Humaines (IRSSH 1981)
- Institut Burkinabè d'Energie (IBE-1982)
- Institut d'Etudes et de Recherches Agricoles (INERA 1985) après avoir eu comme dénomination, Institut de Recherches Agronomiques (IRA) et Institut Voltaïque de Recherches Agronomiques et Zootechniques (IVRAZ).
Le laboratoire de Biochimie et de Technologique Alimentaire (LBTA) complétera la structuration en 1991. Dans le même temps était adopté en 1982, le statut des chercheurs, les alignant sur les mêmes critères d'évaluation que les enseignants-chercheurs dans le système d'avancement du CAMES.
La mise en cohérence du système national de Recherche (SNR) a permis à la recherche scientifique d'avoir un nouvel élan qui s'est traduit par la qualité des résultats de recherche et l'autorité dont ceux-ci jouissent en Afrique.