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Deux ans après l'adoption du statut du CNRST, la mise en place des structures est achevée et l'Institution dispose d'instruments de travail. En effet, le CNRST dispose d'un manuel de procédures pour la coordination, le suivi, l'évaluation et le contrôle scientifique, d'une politique de coopération ; et chacun des instituts a un manuel d'organisation et de gestion. L'objectif avoué est de promouvoir une collaboration intra-CNRST des différentes structures, ainsi qu'avec les institutions internationales oeuvrant sur le territoire national, afin d'atteindre une valorisation optimale des ressources disponibles.
Par ailleurs, pour faire connaître la recherche burkinabè par le grand public, le CNRST a organisé trois fora de la Recherche Scientifique et des Innovations Technologiques, dont le Secrétariat Permanent a été fixé par décret. Chacune des éditions a connu une affluence inattendue, tant des ONG, des opérateurs économiques nationaux, des élèves et étudiants, des fonctionnaires, que des chercheurs africains et internationaux. Tous ont pu apprécier les résultats obtenus par la recherche au Burkina, dans des domaines aussi variés que l'agriculture, l'élévage, la santé, l'énergie et les sciences des sociétés.