C'est l'organe chargée de la coordination et du contrôle de l'ensemble des activités, les structures nationales ou étrangères opérant sur le territoire burkinabè en matière de recherche scientifique et technologique. La création de la Délégation générale garantit le maintien de l'unité du système de la recherche scientifique au Burkina. Le CNRST est dirigé par un délégué général nommé par decret pris en conseil des ministres sur proposition du ministre chargé de la recherche scientifique, parmi les chercheurs seniors justifiant d'un expérience confirmée et d'une notoriété établie en matière scientifique et de gestion de la recherche scientifique.
Cependant les textes confèrent auxw quatre Instituts, une délégation des pouvoirs en matière scientifique, de gestion administrative et du personnel.