Selon le decret n°96-400 le Centre National de la Recherche Scientifique et Techologique est un établissement public à caractère administratif spécifique. Il a pour missions :
assurer la coordination et le contrôle de l'ensemble des activités et des structures, nationales ou étrangères, opérant sur le territoire burkinabè en matière de recherche scientifique et technologique ;
contribuer à définir, à élaborer et à mettre en oeuvre la politique nationale en matière de recherche scientifique et technologique ;
élaborer et exécuter des programmes de recherche scientifique et technologique ;
promouvoir une recherche orientée vers la résolution des contraintes du développement et encourager la coopération entre la recherche et les services de développement ;
assurer la diffusion de l'information scientifique et technique ;
participer à la formation scientifique des cadres ;
contribuer à diffuser les résultats de la recherche et leur utilisation par les populations
Dans le cadre de ses missions, le Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique peut notamment :
créer, gérer et subvetionner des unités de recherche ;
créer et gérer des unités de production ou participer à la création d'unités de production dans le but de faire connaître et de valoriser les produits de la recherche ;
assurer, par voie de convention, des prestations de service à titre onéreux, exploiter des brevets et licences, commercialiser les produits de ses activités ;
conclure des conventions de coopération avec d'autres organismes publics ou privés aux fins d'effectuer ou faire effectuer des études et recherches présentant un intérêt pour l'avancement de la science, de la technologie, de l'économie ou de la société ;
contribuer aux recherches entreprises dans les laboratoires relevant d'autres organismes publics et privés de recherche, notamment par l'attribution d'aides financières, les détachement ou la mise à disposition de personnels de recherche ;
participer au Burkina et à l'étranger aux travaux effectués dans les domaines de leurs compétences par les organismes publics et privés de recherche : les associer à leurs propres travaux et notamment participer à cette fin, à des actions menées en commun dans le cadre de groupements d'intérêt scientifique et technologique ;
participer à l'élaboration et à la mise en oeuvre d'accords de coopération scientifique internationale et de coopération pour le développement ;
passer, dans le respect des textes en vigueur et de la politique du gouvernement, des accords avec des institutions étrangères de recherche et nouer des liens particuliers avec des institutions sous-régionles ou régionales, notamment le Conseil Africain et Malgache pour l'Enseignement Supérieur (CAMES), et la Conférence des Ministres chargés de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique en Afrique de l'Ouest (CMESAO) ;
s'assurer le concours à titre de conseillers scientifiques, accueillir et rémunérer temporairement des personnalités scientifiques extérieures appartenant au secteur public ou privé, ainsi que des professeurs et chercheurs de nationalité étrangère ;
recourir à l'arbitrage en cas de litiges nés de l'exsécution de contrats de recherche passés avec des orgnismes étrangers ;
mettre en oeuvre les résultats des travaux du Conseil National de la Recherche passés, avec des
organismes étrangers.