S'agissant de l'organisation administrative, elle structure le CNRST en services centraux et en instituts. Les services centraux de la Délégation Générale comprennent :
Il faut aussi souligner la création ,dans le cadre du plan stratégique de deux nouvelles structures: le Sécrétariat Permanent du Forum de la Recherche et des Innovations Technologiques, FRSIT, et l'Agence de Valorisation des Résultats de la Recherche, ANVAR