Le Cnrst comprend quatre (4) instituts qui sont :
l'Institut de l'environnement et des recherches agricoles (INERA)
Les activités conduites pour le développement des secteurs de l'agriculture et de l'environnement portent essentiellement sur les productions végétales, les productions animales et la gestion des ressources naturelles.
- Productions végétales : dans le domaine des céréales traditionnelles (sorgho, mil, maïs) du riz, des oléagineux (arachide, sésame), des légumineuses à graines (niébé), des cultures maraîchères et du coton, il existe de nombreuses variétés vulgarisables adaptées aux différentes zones agro-écologiques du pays.
- La recherche en productions animales est relativement jeune (en dehors de la santé animale) mais comporte des acquis, notamment la complémentation alimentaire par les sous-produits agro-alimentaires, les formules d'aliments concentrés, l'amélioration des espèces fourragères, les techniques d'embouche.
- En matière de gestion des ressources naturelles et techniques culturales, il existe des résultats intéressants sur les formules d'engrais minéral adaptées à toutes les cultures, sur le Burkina Phosphate à travers l'augmentation de sa solubilité, les techniques de production de fumures organiques pour toutes les cultures, le développement de la technique de conservation des Eaux et du Sol.
l'Institut de recherche en sciences appliquées et technologies (IRSAT)
L'année 1997 a été l'année d'existance effective de l'IRSAT avec la mise en place du plan stratégique. Les activités de l'Institut s'articulent autour des grands domaines suivants :
- Les Substances Naturelles
- L'Energie
- La Technologie Alimentaire
- La mécanisation.
l'Institut des sciences des sociétés (INSS)
Quatre (4) grands programmes et neuf (9) projets issus de l'atelier de relance de la recherche au sein de l'INSS dans le cadre du Plan Stratégique de la Recherche du CNRST, sont au centre des activités de recherche en cours.
Les quatre (4) programmes sont :
- Environnement et Communautés Rurales au Burkina Faso (ECORB)
- Programme d'Analyses des Politiques Economiques et Sociales (PAPES).
- Langues Nationales, Ecole et Développement (LANED).
- transformations Sociales : acquis traditionnels et modernité.
l'Institut de recherche en sciences de la santé (IRSS)
L'Institut de Recherche en Sciences de la Santé (IRSS) a été créé en au cours du premier trimestre 1997 avec pour missions :
- d'apporter des solutions aux problèmes prioritaires de santé par la recherche;
- de coordonner la recherche dans le secteur de la santé au Burkina;
- de valoriser et diffuser des résultats de la recherche sanitaire.
L'IRSS a cependant hérité du patrimoine scientifique, humain et matériel de l'ex-Institut de Recherche sur les Substances Naturelles (IRSN) et de l'ex-Institut de Recherche en Biologie et Ecologie Tropicale ( IRBET).